Здравствуйте. Действительно, ГОСТ 7.0.12-2011 предписывает сокращение названий соответствующих городов только в выходных данных библиографической ссылки.
Однако необходимо учитывать, что многие положения стандартов ориентированы на электронный поиск и каталогизацию документов, обеспечение совместимости библиографических ресурсов, без учета специфики научно-вспомогательной библиографии (в т.ч. составления библиографических списков и пособий).
В своей практике мы придерживаемся прежних норм сокращения. Наше мнение по этому вопросу изложено в ответах на запросы № 19031 ; № 26487 ; 26894