Здравствуйте. На наш взгляд, никакого противоречия нет.
ГОСТ 7.1.-2003 и ГОСТ Р 7.0.11-2011 используют нормативные ссылки (см. п. 2 в обоих ГОСТах) в том числе и на ГОСТ 7.12-93 Библиографическая запись. Сокращение слов на русском языке. Общие требования и правила (открыть ссылку).
Согласно этому ГОСТу Москва и Санкт-Петербург сокращаются как М. и СПб. в области выходных данных.
В ГОСТе Р 7.0.12-2011, введенном взамен ГОСТа 7.12-93, изменилось условие применения сокращений названий данных городов. В данном ГОСТе нашло отражение решение совместного методического совещания сотрудников РГБ и РНБ от 23.03.2005 (см. ответ на запрос 17772).
Однако в практике составления библиографического описания в научно-вспомогательных библиографических пособиях, на наш взгляд, возможно сохранение прежних норм сокращения.
Вы можете вставить данные сокращения в общий список сокращений Вашего библиографического указателя, чтобы не было противоречий новому ГОСТу.