Здравствуйте. В целом стандарты не регулируют оформление списка литературы к научным работам. В подавляющем большинстве случаев традиционно используется алфавитный принцип составления списков с разделением на кириллический и латинский алфавиты. Исключением являются официальные документы, которые всегда приводятся в начале.
В пункте 5.6. ГОСТ Р 7.0.11-2011 «Диссертация и автореферат диссертации» были перечислены способы оформления списков. В том числе пункт 5.6.3. гласит «Допускаются следующие способы группировки библиографических записей: алфавитный, систематический (в порядке первого упоминания в тексте), хронологический». Следует отметить, что систематическое расположение литературы в списке обычно означает расположение по отраслям знаний, отдельным вопросам, темам в логическом соподчинении отдельных рубрик и т.д. В пункте 5.6.5. ГОСТ 7.0.11 указано: «При систематической (тематической) группировке материала библиографические записи располагают в определенной логической последовательности в соответствии с принятой системой классификации».
В пособии «Основы информационно-библиографической культуры» , представленном на сайте Центра информ.-библ. обеспечения науч.-учеб. деятельности Национального исследовательского ядерного университета «МИФИ», о расположении литературы в порядке первого упоминания в тексте приведено следующее мнение:
«… такое расположение делает список трудным для использования, т.к. в нем сложно просмотреть охват темы, по нему трудно проверить, на какие работы данного автора есть ссылки в материале. Список, составленный таким образом, будет неполным, так как включает только литературу, упоминаемую и цитируемую в тексте, и не отражает других использованных работ».
Соответственно, запрета на использование расположения литературы в библиографическом списке в порядке упоминания в тексте не существует. Библиографирующая организация может составить свои правила оформления списка литературы к научным работам. Но необходимо учитывать сложившуюся традицию, удобство восприятия библиографии для специалистов, возможность оценить круг использованных источников и литературы, что является воплощением культуры научного труда.
В списках литературы к диссертациям следует также учитывать рекомендации ВАК.